Historie kostela sv. Tomáše - 15. - 17. století

Po roce 1400 pokračovala stavba novým křídlem na jižní straně chrámu a v roce 1403 na ni byly vypsány odpustky. Markrabě Jošt, zvolený v říjnu 1410 římským králem 18. ledna 1411 v Brně na Špilberku umírá. Byl pochován do hrobky před hlavním oltářem, pod červenou mramorovou deskou. Manželství Jošta s Anežkou Opolskou zůstalo bezdětné a tak již ve druhé generaci vymřela moravská lucemburská sekundogenitura. Jošt byl zároveň posledním moravským markrabětem, který sídlil v Brně a osobně spravoval zemi.

Roku 1428 přitáhli k Brnu sirotci pod vedením hejtmana Velka Koudelníka z Březnice a rozložili si tábor poblíž augustiniánského kláštera. Podle zpráv byl při neúspěšném obléhání klášter s kostelem těžce poškozen. Další válka v letech 1467-1468 způsobila klášteru značné škody. Proto byl roku 1486 obehnán hradbami. V roce 1500 postihl augustiniány požár. V průběhu 16. století docházelo k provizorním opravám poškozených objektů. Mariánská kaple měla být znovu vystavěna, ale křížová chodba na severní straně kostela už obnovena nebyla. Počátkem 16. století byl kostel vybaven monumentálním pozdněgotickým křížem, který je cenný také pro svou původní polychromii.

Svobodný pán Magnis - Straschnitz nechal roku 1631 opravit Mariánskou kapli. Pak už stíhala kostel jedna pohroma za druhou. Pro špatný technický stav bylo nutné snést klenbu hlavní lodi, 16. července vichřice strhla střechu hlavní lodi a o dvě léta později spadla severní věž. Další poničení kláštera s kostelem způsobili Švédové při neúspěšném obléhání Brna v létě 1645. Areál kláštera byl vysunutý ven z městských hradeb a byl nejslabším článkem obranného systému. Švédský vojevůdce Leonard Torstenson záměrně stanovil datum generálního útoku na Brno na úterý 15. srpna, což je slavnost Nanebevzetí Panny Marie. K hlavnímu útoku na tvrz u sv. Tomáše vybral Torstenson elitní pluky, které zdolaly dělostřelbou těžce poškozené hradby a dokonce se jim podařil průlom do města. V tomto kritickém okamžiku přivolaný jezdecký oddíl zastavil jejich postup a odvrátil pád města. Od té doby je úspěšná obrana Brna považována za zázrak, připisovaný přímluvě Panny Marie svatotomské, ke které se Brňané po celou dobu obléhání pod vedením P. Martina Středy vroucně modlili.

Zmíněná událost pravděpodobně zachránila kostelní trojlodí před zbouráním, o kterém se dříve uvažovalo. Za podpory samotného císaře, zemského hejtmana Pavla Liechtensteina ? Kastelkorna, hrabat Františka a Jany Magnisových, Polyxeny z Montagni a dalších začaly rozsáhlé opravy. František hrabě Magnis znovu vystavěl Mariánskou kapli, kde byl pochován. Na svátek Petra a Pavla roku 1661 započala přestavba kostela podle plánů Jana Křtitele Erny. Na rozšířeném gotickém půdoryse vystavěl raně barokní trojlodí a zvětšil kostel o kaple vestavěné mezi gotické opěrné pilíře bočních lodí. Přestavba trvala deset let. Současně probíhala oprava budov konventu. Autorem soch v Ernově průčelí kostela je Jan van der Furth. Nejvýše je zobrazeno zvěstování Panny Marie, nad portálem sv. Tomáš, vedle vchodu sv. Augustin a sv. Monika, sv. Mikuláš Tolentinský a sv. Jiljí. Když byla ve druhé polovině 19. století vybudována okružní třída, uplatnilo se průčelí kostela jako pohledová dominanta nově vzniklé Joštovy třídy.

Historie kostela sv. Tomáše - 14. století
Historie kostela sv. Tomáše - 18. - 20. století